我有一个程序a.out,它将在某些文件夹序列中进行设置,每个文件夹都会得到一个a.out,并将在每个文件夹中产生一些结果。我试图并行执行这些相同的程序。如果我在文件夹中,则只需执行./a.out即可运行。我必须在其文件夹中执行a.out,因为a.out在当前目录中查找文件。因此,如果我不在其文件夹中,它将找不到该文件。

运行这些程序是基于rootDir的另一项工作的一部分。我正在使用MATLAB,所以我试图避免在MATLAB内使用cd,因为每次使用cd时都会重新编译MATLAB代码,从而大大降低了代码速度。

我使用MATLAB代码编写一个CallParallel.sh,其中包含以下行:

for i in ${JobsOnThisNode[@]};do echo $i;done | xargs -n1 -P ${SLURM_NTASKS_PER_NODE} sh  -c '"$1"' sh;

$ 1基本上对于每批并行作业(以jname和cname递增)获得此命令:

cd /mnt/home/thrust2/zf1005/Matlab/GAFit/RunningFolder/$jname/$cname/ && ./a.out

我已经从rootDir测试了此代码,它成功在另一个文件夹中运行了该程序。但是,当我在bash脚本中执行它时,出现以下错误:

sh: /mnt/home/thrust2/zf1005/Matlab/GAFit/RunningFolder/1/1/: Is a directory
sh: &&: command not found
sh: ./a.out: No such file or directory

如果我对它的理解正确,则它不能识别&&和cd,只能以某种方式检查它是否是目录,而不是实际更改为该目录,因此,在rootDir中找不到a.out。

当我尝试这个:

sh '"cd /mnt/home/thrust2/zf1005/Matlab/GAFit/RunningFolder/1/1"'

我得到:

sh: "cd /mnt/home/thrust2/zf1005/Matlab/GAFit/RunningFolder/1/1": No such file or directory
分析解答
sh '"cd /mnt/home/thrust2/zf1005/Matlab/GAFit/RunningFolder/1/1"'

意味着使用不存在的sh解释"cd /mnt/home/thrust2/zf1005/Matlab/GAFit/RunningFolder/1/1"

为了简化操作,您可以创建一个以dir作为参数的运行程序脚本

#! /bin/bash
cd "$1" && /path/to/a.out

然后从xargs调用runner

顺便说一句,您只需要1 a.out而不是每个目录1。